ConfeitoGUI 　相関ネットワーク解析ツール

★ 解析例2

★ データセット

• Affymetrix社のシロイヌナズナのマイクロアレイデータ（データはこちら）
  縦がプローブ、横が実験
• 9,442実験（リストはこちら）
• 22,746プローブ（リストはこちら）

★ 目的

• 注目している遺伝子と共発現している遺伝子をできるだけ集めたい。
• まずは、遺伝子間での相関行列を作る。
• 次にFPO解析し、さらにFNI解析する。
• 今回は、転写因子Myb28（プローブ名：247549_at、要素ID：p002649、遺伝子コード：AT5G61420）に注目する。

★ 手順

相関行列を作る 「launch.bat」をクリックして、ConfeitoGUIを起動する。 「Init Tool」タブの中の「Correlation Tool」をクリックして、Correlation Toolウインドウを開く。 「Input File」：ブラウズして選ぶ（「athgxmat.txt」を選択）。 「Task」：相関係数の種類を選ぶ（「Cosine」を選択）。 「Output Folder」：出力するフォルダを選ぶ（「cor」フォルダを作成して選択）。 「Start」ボタンを押して実行する。

解析までの準備をする 「Preprocessing Tool」をクリックして、Preprocessing Toolウインドウを開く。 「Correlation Data Folder」：ブラウズして選ぶ（「cor」フォルダを選択）。 「Output File」：ブラウズして選ぶ（「athcor.flis」と名付けて選択）。 「Start」ボタンを押して実行する（「athcor.flis」が生成される）。 Preprocessing Toolウインドウを「x」で閉じる。 「Check Tool」をクリックして、Check Toolウインドウを開く。 「Correlation Data File」：ブラウズして選ぶ（「athcor.flis」を選択）。 「Start」ボタンを押して実行する。

FPO解析する 「Confeito Analysis」タブをクリックする。 「Analysis Menu」を選ぶ（「FPO」を選択）。 「Correlation Data File」：ブラウズして選ぶ（「athcor.flis」を選択）。 「Correlation Data Type」を選ぶ（「Cosine」を選択）。 「Output Folder」：出力するフォルダを選ぶ（「fpo」フォルダを作成して選択）。 「Start」ボタンを押して実行する。

FNI解析の準備をする 前処理用のPerlプログラムを適当なフォルダにダウンロードして解凍する。 （「prefniprocess.pl」と「postfniprocess.pl」が展開される） このプログラムはPerl言語で書かれているため、動作環境でPerlが実行可能であることが必要である。 Windowsユーザの場合、ActivePerlをインストールする。 コマンドプロンプトで「perl -v」と入力して、Perlの動作確認をする。 Linuxユーザの場合は予めPerlの動作環境が整っており、端末で「perl -v」と入力して、Perlの動作確認をする。 「prefniprocess.pl」を「fpo」フォルダに移動する。 「prefniprocess.pl」をテキストエディタで開く。 5行目の「my $target="";」のダブルクォーテーションの中に、注目する要素のIDを入力する（ここでは「p002649」と入力）。 「prefniprocess.pl」を上書き保存して閉じる。 「prefniprocess.pl」をダブルクリックして実行する（「analyzed_element_p002649.txt」が生成される）。 このPerlプログラムを使う代わりに、手作業でIDのリスト（要素IDが1列に並んだリスト）を作成しても構わない。

FNI解析する 「Confeito Analysis」タブをクリックする。 「Analysis Menu」を選ぶ（「FNI」を選択）。 「Correlation Data File」を選ぶ（「athcor.flis」を選択）。 「Correlation Data Type」は前項を選ぶと自動的に設定される（ここでは「cosine」が選ばれる）。 「Analyzed Elements File」：前節で作成した「analyzed_element_p002649.txt」を選ぶ。 「FPO Analyzed File(*.fpo File)」：FPO解析の結果のフォルダ（「fpo」フォルダ）から「result.fpo」を選ぶ。 「Output Folder」：出力するフォルダを選ぶ（「fni」フォルダを作成して選択）。 「Start」ボタンを押して実行する。

解析結果を解釈する FNI解析の出力フォルダを開く（「fni」フォルダ）。 「result.net」をPajekで開いて、ネットワークを描画する。 実線がFPO解析で得られた要素間、破線がFNI解析で得られた要素からの相関関係を表す。 今回の解析例において、注目する転写因子Myb28を含むFPO解析のモジュールが得られた。 このモジュールに対するFNI解析の結果、別の転写因子Myb29（AT5G07690, p005698）が関連付けられた。

• ネットワークの丸の色をFPOとFNIで分ける（オプション）
1. FNI解析の準備の際にダウンロードした「postfniprocess.pl」を「fni」フォルダに入れる。
2. 「postfniprocess.pl」をダブルクリックして実行する（「result.clu」が生成される）。
3. Pajekで「result.net」を開いた後、「Partitions」で「result.clu」を開く。
4. 「Draw」メニュー-> 「Network + First Partition」を選ぶ。
5. 丸の色の変更は、「Options」->「Colors」->「Partition Colors」->「for Vertices」で選択できる。
6. Myb28のモジュールの画像では、濃い丸がFPO解析、薄い丸がFNI解析で得られた遺伝子を表している。

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