ConfeitoGUI 　相関ネットワーク解析ツール

★ 解析例3

★ データセット

材料：ダイコンおろし

ダイコンをおろしてから、0、1、2、3、4、5、7、10、15分経過後の代謝物をLC-MS分析

9実験（時系列）で2,360個の代謝物を検出

★ 目的

• ダイコンおろしはすりおろしてから一定時間置くと美味しくなるといわれている。
• 含まれる代謝物が質的・量的にどのように変動するかを網羅的に把握する。
• まずは、代謝物の質量分析による時系列データから代謝物間での相関行列を作る。
• 次にFPO解析し、さらにFNI解析する。
• 今回は、辛味成分（Glucoraphenin）と旨味成分（Guanosine）に注目する。

★ 手順

相関行列を作る 「launch.bat」をクリックして、ConfeitoGUIを起動する。 「Init Tool」タブの中の「Correlation Tool」をクリックして、Correlation Toolウインドウを開く。 「Input File」：ブラウズして選ぶ。 「Task」：相関係数の種類を選ぶ（「Cosine」を選択）。 「Output Folder」：出力するフォルダを選ぶ（「cor」フォルダを作成して選択）。 「Start」ボタンを押して実行する。

解析までの準備をする 「Preprocessing Tool」をクリックして、Preprocessing Toolウインドウを開く。 「Correlation Data Folder」：ブラウズして選ぶ（「cor」フォルダを選択）。 「Output File」：ブラウズして選ぶ（「rsacor.flis」と名付けて選択）。 「Start」ボタンを押して実行する（「rsacor.flis」が生成される）。 Preprocessing Toolウインドウを「x」で閉じる。 「Check Tool」をクリックして、Check Toolウインドウを開く。 「Correlation Data File」：ブラウズして選ぶ（「rsacor.flis」を選択）。 「Start」ボタンを押して実行する。

FPO解析する 「Confeito Analysis」タブをクリックする。 「Analysis Menu」を選ぶ（「FPO」を選択）。 「Correlation Data File」：ブラウズして選ぶ（「rsacor.flis」を選択）。 「Correlation Data Type」を選ぶ（「Cosine」を選択）。 「Output Folder」：出力するフォルダを選ぶ（「fpo」フォルダを作成して選択）。 「Start」ボタンを押して実行する。

FNI解析の準備をする 前処理用のPerlプログラムを適当なフォルダにダウンロードして解凍する。 （「prefniprocess.pl」と「postfniprocess.pl」が展開される） このプログラムはPerl言語で書かれているため、動作環境でPerlが実行可能であることが必要である。 Windowsユーザの場合、ActivePerlをインストールする。 コマンドプロンプトで「perl -v」と入力して、Perlの動作確認をする。 Linuxユーザの場合は予めPerlの動作環境が整っており、端末で「perl -v」と入力して、Perlの動作確認をする。 「prefniprocess.pl」を「fpo」フォルダに移動する。 「prefniprocess.pl」をテキストエディタで開く。 5行目の「my $target="";」のダブルクォーテーションの中に、注目する要素のIDを入力する。 「prefniprocess.pl」を上書き保存して閉じる。 「prefniprocess.pl」をダブルクリックして実行する（要素IDのリストが生成される）。 このPerlプログラムを使う代わりに、手作業でIDのリスト（要素IDが1列に並んだリスト）を作成しても構わない。

FNI解析する 「Confeito Analysis」タブをクリックする。 「Analysis Menu」を選ぶ（「FNI」を選択）。 「Correlation Data File」を選ぶ（「rsacor.flis」を選択）。 「Correlation Data Type」は前項を選ぶと自動的に設定される（ここでは「cosine」が選ばれる）。 「Analyzed Elements File」：前節で作成した要素IDのリストを選ぶ。 「FPO Analyzed File(*.fpo File)」：FPO解析の結果のフォルダ（「fpo」フォルダ）から「result.fpo」を選ぶ。 「Output Folder」：出力するフォルダを選ぶ（「fni」フォルダを作成して選択）。 「Start」ボタンを押して実行する。

• 解析結果を解釈する
1. FNI解析の出力フォルダを開く（「fni」フォルダ）。
2. 「result.net」をPajekで開いて、ネットワークを描画する。
3. 実線がFPO解析で得られた要素間、破線がFNI解析で得られた要素からの相関関係を表す。
4. 今回の解析例において、辛味成分を含むモジュールおよび旨味成分を含むモジュールが得られた。
5. 辛味成分は時間の経過とともに減少し、旨味成分は逆に上昇することが明らかとなった。

辛味成分の結果
旨味成分の結果

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