ConfeitoGUI 　相関ネットワーク解析ツール

★ 解析例1

♦ データセット

• Affymetrix社のブドウのマイクロアレイデータ（データはこちら）
  縦がプローブ、横が実験
• 439実験（リストはこちら）
• 16,436プローブ（リストはこちら）

♦ 目的

• 果皮で特異的に発現している遺伝子を集めたい。
• そのために、果皮の実験群を選び出したい。
• まずは、実験間での相関行列を作る。

♦ 準備

• ConfeitoGUIの「Correlation Tool」では、縦方向を要素として相関係数を計算するため、縦横を入れ替える。
• Rで転置行列を作成する（「vvixgmat.txt」とする）。

♦ 手順

• 相関行列を作る

  「launch.bat」をクリックして、ConfeitoGUIを起動する。 「Init Tool」タブの中の「Correlation Tool」をクリックして、Correlation Toolウインドウを開く。 「Input File」：ブラウズして選ぶ（「vvixgmat.txt」を選択）。 「Task」：相関係数の種類を選ぶ（「Cosine」を選択）。 「Output Folder」：出力するフォルダを選ぶ（「cor」フォルダを作成して選択）。 「Start」ボタンを押して実行する。

• 解析までの準備をする

  「Preprocessing Tool」をクリックして、Preprocessing Toolウインドウを開く。 「Correlation Data Folder」：ブラウズして選ぶ（「cor」フォルダを選択）。 「Output File」：ブラウズして選ぶ（「vvicor.flis」と名付けて選択）。 「Start」ボタンを押して実行する（「vvicor.flis」が生成される）。 Preprocessing Toolウインドウを「x」で閉じる。 「Check Tool」をクリックして、Check Toolウインドウを開く。 「Correlation Data File」：ブラウズして選ぶ（「vvicor.flis」を選択）。 「Start」ボタンを押して実行する。

• 解析する

  「Confeito Analysis」タブをクリックする。 「Analysis Menu」を選ぶ（「FPO」を選択）。 「Correlation Data File」：ブラウズして選ぶ（「vvicor.flis」を選択）。 「Correlation Data Type」を選ぶ（「Cosine」を選択）。 「Output Folder」：出力するフォルダを選ぶ（「fpo」フォルダを作成して選択）。 「Start」ボタンを押して実行する。

• 解析結果を解釈する

  出力フォルダを開く（「fpo」フォルダ）。 「result.net」をネットワーク描画ソフトで開く （Pajekなど）。 ネットワークを描く。 注目要素を含むグループを確認する（果皮の実験はX285〜X292）。 果皮の実験はふたつのグループに分かれてしまっている。もう少し大きいグループがほしい。

• 再解析を実行する（注目要素を含むグループをもう少し大きくしたい場合）

  「Confeito GUI」ウインドウの「Confeito Analysis」タブをクリックする。 「Correlation Data Type」の「Setting」ボタンをクリックして、FPOウインドウを表示する。 「Open Advance Setting」をクリックして、詳細設定画面を表示する。 「Min Elements」を5にする（この数字を大きくすると、グループを大きくできる）。 「Output Folder」：「fpo2」フォルダを作成して選ぶ。 他の設定については変えずに「Start」ボタンを押す。 「fpo2」フォルダに生成された「result.net」をPajekで開き、ネットワークを描く。 注目する果皮の実験グループが大きくひとつに纏まっている。

• FNI解析についてはこちら

♦ 操作上のヒント

• 解析準備のためのツールは実行終了後にウインドウの右上端の「x」で消す必要がある。
• ネットワークの線を相関係数の閾値に従って太い線と細い線に分けたい場合、 「Correlation Data Type」->「Setting」->「Open Advance Setting」で「Solid Bold (FPO)」の閾値を設定する。

♦ 再解析のヒント

• グループを大きくしたい場合は、「Setting」->「Advance Setting」の「Min Elements」を大きくする。
• グループを小さくしたい場合は、「Setting」->「Advance Setting」の「Max Elements」を小さくする。

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